Sáng ngày 27 tháng 7 năm 2016, đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa XIV tại phiên họp thứ nhất đã bỏ phiếu kín bầu ông tiếp tục giữ chức vụ Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao nhiệm kì 2016-2021, với 448 phiếu thuận (tương đương 90,69% tổng số đại biểu Quốc hội).[8]

Ngày 15 tháng 3 năm 2017, trên cương vị Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao, ông đã yêu cầu Cơ quan Cảnh sát điều tra (Công an thành phố Vũng Tàu) ra ngay quyết định khởi tố bị can Nguyễn Khắc Thủy, sinh năm 1940, nguyên Giám đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu (ngụ ở chung cư Lakeside, phường Nguyễn An Ninh, thành phố Vũng Tàu) về tội “Dâm ô trẻ em”, theo quy định tại Điều 116, Bộ luật hình sự dưới yêu cầu của chủ tịch nước Trần Đại Quang.[9] Mặc dù trước đó hai ngày, ngày 13 tháng 3 năm 2017, Viện kiểm sát nhân dân thành phố Vũng Tàu đã không phê chuẩn quyết định khởi tố bị can mà gia hạn thêm 2 tháng để tiếp tục điều tra “vì nhận thấy chưa đủ cơ sở, cần phải củng cố thêm chứng cứ”.[10][11][12] Ngày 17 tháng 11 năm 2017, Tòa án nhân dân thành phố Vũng Tàu đã tuyên phạt Nguyễn Khắc Thủy (77 tuổi) 3 năm tù về tội Dâm ô đối với trẻ em trong phiên tòa sơ thẩm.[13][14]